Những xe Yamaha R3 nằm trong diện thu hồi được sản xuất từ tháng 6/2015 đến tháng 3/2016 với dải số khung từ MH3RH0760FK001001 đến MH3RH0760FK001720. Nguyên nhân của đợt triệu hồi này là do một số lỗi trên xe YZF-R3 có thể gây ảnh hưởng tới hiệu quả vận hành của xe.

Liên doanh Nhật Bản giải thích thêm rằng, do sử dụng nguyên vật liệu không thích hợp chế tạo vòng bi ly hợp dẫn tới không cắt được ly hợp, trong trường hợp xấu nhất dẫn tới vỡ vòng bi ly hợp và không chuyển được số. Ngoài ra, do thiết kế van trong bơm dầu không hợp lý dẫn tới áp suất trong bơm dầu không chính xác, trường hợp xấu nhất có thể dẫn tới vỡ bánh răng bơm dầu.

Từ ngày 30/6/2016, Yamaha Motor Việt Nam bắt đầu triển khai việc thay thế miễn phí các phụ tùng trong diện thu hồi bằng phụ tùng đã được cải tiến tại hệ thống Yamaha Sport Shop trên toàn quốc. Sau khi hoàn thành việc thay thế, nhân viên đại lý dán tem chữ “Y” bên cạnh số khung để xác nhận đã hoàn thành việc sửa chữa.