Vì một số hạn chế và không đáp ứng được yêu cầu nên BTR-90 không được biên chế trong quân đội Nga mà chỉ để xuất khẩu.
Xe bọc thép chở quân BTR-90 được Nga phát triển vào đầu những năm ’90. Nguyên mẫu đầu tiên của nó được hoàn thành vào đầu năm 1994. Về cơ bản BTR-90 là mẫu xe nâng cấp của chiếc BTR-80 với hỏa lực mạnh hơn, tính cơ động cao hơn, khả năng chống chịu tốt và chở được nhiều lính hơn.
Xe dài 8,15 mét, rộng 3,1 mét, cao 3 mét và nặng 20,9 tấn. Kíp lái của xe gồm 3 người là chỉ huy, pháo thủ và lái xe. BTR-90 được trang bị động cơ diesel tăng áp turbo công suất 520 mã lực đi kèm với hộp số tự động. Tốc độ tối đa của xe là 100 km/h và có tầm hoạt động lên đến 800 km. Ngoài ra xe vẫn có thể di chuyển khi 4 lốp bị hư hỏng.
Vỏ thép của BTR-90 dày hơn người tiền nhiệm của mình, cửa sổ trước ở mẫu xe cũ đã được bỏ đi và thay thế bằng kính tiềm vọng. Nâng cấp này giúp tăng cường khả năng bảo vệ của xe. BTR-90 được cho là có thể chống được đạn 14,5 mm. Bên trong xe, tài xế sẽ ngồi ở phía trước, ở giữa là khoang chở lính và hệ thống điều khiển vũ khí. Nếu không chở lính, xe có khả năng vận chuyển 7 tấn hàng.
Hệ thống vũ khí trên xe gồm có pháo Shipunov 2A42 30mm (500 viên), súng máy PKT 7,62 mm (2.000 viên), súng phóng lựu tự động 30mm (400 viên) và tên lửa chống tăng AT-5 Spandrel có tầm bắn 4 km. Hệ thống tên lửa này có thể tháo rời và triển khai ở dưới đất. Hiện hệ thống này đã được thay bằng hệ thống tên lửa chống tăng AT-14 Spriggan mới. Trên xe, cả chỉ huy lẫn pháo thủ đều có thể sử dụng mọi vũ khí trên xe.
Ngoài kíp lái, trên xe đủ chỗ cho 7 lính được trang bị đầy đủ. Xe có hai vị trí lên xuống là cửa ở bên thân và cửa trên nóc xe.
Bên cạnh khả năng di chuyển trên đất liền, xe còn có khả năng lội nước với hai bơm thủy lực ở sau xe. Tốc độ tối đa mà nó đạt được khi “bơi” trên nước là 9 km/h.
Các phiên bản khác của BTR-90 gồm có BTR-90M và Krymsk. Trong đó, BTR-90M được trang bị pháo 2A70 100mm từ chiếc BMP-3, pháo Shipunov 2A72 30mm, súng máy PKT 7,62mm. BTR-90M lần đầu tiên ra mắt vào năm 2001 nhưng hiện tại vẫn không được đưa vào sử dụng.
Krymsk là phiên bản không người lái, sử dụng hệ thống hybrid gồm động cơ diesel sẵn có và một mô-tơ điện. Tốc độ tối đa mà nó có thể đạt được là 97 km/h và có khả năng tăng tốc lên 80 km/h trong vòng 33 giây. Xe có thể mang nhiều loại vũ khí bao gồm vũ khí laser và vũ khí điện từ trường.
Tuy là mẫu xe nhà, nhưng BTR-90 chỉ được biên chế trong Bộ Nội vụ. Bộ Quốc phòng Nga từ chối mua mẫu xe này với lý do dễ bị tấn công từ đằng sau và không đáp ứng được các nhu cầu sử dụng của lực lượng quân đội. Hiện nay, quân đội Nga vẫn đang sử dụng mẫu BTR-82 để thay thế và chờ đến khi thế hệ xe bọc thép Bumerang mới chính thức được đưa vào sản xuất.